После того, как аналитический центр по национальной безопасности Эбби был скомпрометирован, и она была найдена во владении настоящей бомбой, команда NCIS обнаруживает, что лидер группы был убит, а теоретический учебник террора был украден. Кроссовер продолжается на NCIS: Новый Орлеан S03E14 Ящик Пандоры (II).