Сезон 15 начинается с того, что команда NCIS неустанно ищет Гиббса и МакГи через два месяца после того, как их в последний раз видели сражающихся с неуловимой группой повстанцев в джунглях Парагвая. Тем временем Вэнс и Торрес вызваны на слушания в Конгресс по поводу последствий от миссии в Парагвае.